ご心配は無用です。この After Effects プロジェクトはそのまま使用できます。
実際、After Effects の新しいバージョンで古いプロジェクト開いた場合に標準通知として表示されます。使用できないという意味ではありません。
実際、[OK]ボタンをクリックすると、After Effects が、古いプロジェクトを現在お使いの After Effects と互換性のある新しいバージョンに自動的に変換します。
[OK]ボタンをクリックすると、この状態になります。
[OK]ボタンをクリックすると、プロジェクトファイルが取込みを継続します。他に何もしないで、タイトルバーの「(converted)」(変換完了) のフレーズをメモします。
ファイルは After Effects が自動変換します。
次に、[File > Save As > Save As...](ファイル>名前を付けて保存>名前を付けて保存...)の順に移動し、現在の変換済みプロジェクトファイルを新しいファイルとして保存し、作業を続行します。