使用できます。
これは、古いバージョンのプロジェクトファイルを新しいバージョンのAfter Effects で開いた場合に提示される、標準的な通知となります。プロジェクトファイルを使用できないという意味ではありません。

[OK]ボタンをクリックすると、After Effects が、このプロジェクトファイルを自動的に、現在お使いの After Effects と互換性のある新しいバージョンに変換します。

[OK]ボタンクリック後

[OK]ボタンをクリックすると、After Effects がプロジェクトファイルの読み込みを再開します。自動的に、タイトルバーに表示されているプロジェクトファイルの名称に「converted」(変換済み) という言葉が追加されます。

自動的に変換されたファイル名

次に、File > Save As > Save As... (ファイル＞名前を付けて保存＞名前を付けて保存...) の順に選択し、現在の変換済みプロジェクトファイルを新しいファイルとして保存し、作業を続行します。