AEテンプレートを日本語版のAfter Effectsで使用出来ますか？

使用できます。

モーションエレメンツは、取り扱う全てのAfterEffectsテンプレートを日本語版のAEに対応させた、世界初のマーケットプレースとなります。モーションエレメンツで購入したAEテンプレートは日本語版 After Effectsでも安心してお使いいただけます。